Προθερμαίνετε τον φούρνο στους 220 βαθμούς. Τοποθετείτε μία σχάρα πάνω και μία στη μέση.

Για να προετοιμάσετε τις ντομάτες σας, αφαιρέστε τους πυρήνες με ένα μαχαίρι. Στη συνέχεια, τρίψτε τις στις μεγάλες τρύπες ενός τρίφτη και ψιλοκόψτε τυχόν υπόλοιπο δέρμα ντομάτας. Διαφορετικά, τοποθετήστε τις ντομάτες σε έναν επεξεργαστή τροφίμων μέχρι να γίνουν αφρός. Αφήνετε στην άκρη.

Σε ένα ταψί με φύλλο ψησίματος, τοποθετείτε τη μελιτζάνα σε κύβους με 2 κ.σ. ελαιόλαδο μέχρι να καλυφθεί ελαφρά. Απλώστε τη μελιτζάνα σε μία στρώση πάνω στο ταψί, πασπαλίστε με ¼ κ.γ. αλάτι και αφήστε στην άκρη.

Σε ένα άλλο ταψί με φύλλο ψησίματος, ρίξτε την πιπεριά και το κολοκυθάκι με 1 κ.σ. ελαιόλαδο και ¼ κ.γ. αλάτι. Απλώστε τα λαχανικά σε μία στρώση. Τοποθετήστε το ταψί με τη μελιτζάνα στη μεσαία σχάρα και το ταψί με τα άλλα λαχανικά στην πάνω σχάρα. Ψήνετε για 15 λεπτά.

Εν τω μεταξύ, ζεστάνετε 2 κ.σ. ελαιόλαδο σε μια κατσαρόλα σε μέτρια φωτιά. Προσθέστε το κρεμμύδι και ¼ κ.γ. αλάτι. Μαγειρέψτε, ανακατεύοντας περιστασιακά, έως ότου το κρεμμύδι μαλακώσει και καραμελώσει στις άκρες, περίπου 8 έως 10 λεπτά.

Προσθέστε το σκόρδο, ανακατέψτε και μαγειρέψτε περίπου 30 δευτερόλεπτα ακόμα. Προσθέστε τις ντομάτες και χρησιμοποιήστε ένα ξύλινο κουτάλι για να ανακατέψετε τυχόν κομμάτια που έχουν κολλήσει στο κάτω μέρος. Μειώστε τη θερμοκρασία σε μέτρια-χαμηλή, για να σιγοβράσουν.

Μόλις περάσουν τα 15 λεπτά, αφαιρέστε και τα δύο ταψιά από τον φούρνο και ανακατέψτε τα περιεχόμενα του καθενός ομοιόμορφα. Αυτή τη φορά, τοποθετήστε τη μελιτζάνα στην πάνω σχάρα και τα άλλα λαχανικά στη μεσαία σχάρα.

Ψήνετε έως ότου η μελιτζάνα αρχίσει να χρυσαφίζει, περίπου 10 ακόμη λεπτά (η μελιτζάνα θα γίνει νωρίτερα από τα υπόλοιπα). Αφαιρέστε τη μελιτζάνα από το φούρνο και προσθέστε τη προσεκτικά στη σιγοβρασμένη σάλτσα ντομάτας.

Αφήστε τα άλλα λαχανικά να συνεχίσουν να ψήνονται έως ότου οι πιπεριές καραμελώσουν, περίπου 5 έως 10 λεπτά. Στη συνέχεια, τα μεταφέρετε στη σιγοβρασμένη σάλτσα. Συνεχίστε να σιγοβράζετε για 5 λεπτά για να δώσετε χρόνο στις γεύσεις να ταιριάξουν.

Αφαιρέστε την κατσαρόλα από τη φωτιά. Ανακατέψτε σε 1 κ.γ. ελαιόλαδο, τον ​​βασιλικό και το κόκκινο πιπέρι. Τρίψτε τη ρίγανη μετα χέρια σας καθώς τη ρίχνετε στην κατσαρόλα. Προσθέστε επιπλέον αλάτι και μαύρο πιπέρι, εάν το επιθυμείτε.

Σερβίρετε σε μπολ, ίσως με λίγο καμμένο ελαιόλαδο και ψιλοκομμένο βασιλικό ή μαύρο πιπέρι στην κορυφή (όλα προαιρετικά). Όπως σε όλα τα μαγειρευτά, η γεύση βελτιώνεται καθώς κρυώνει. Το Ρατατούι διατηρείται καλά στο ψυγείο, καλυμμένο, για 4 ημέρες ή για αρκετούς μήνες στην κατάψυξη.